Balai Karantina Pertanian Kelas II Ternate merupakan penggabungan dari dua Unit Pelaksana Teknis (UPT) lingkup Badan Karantina Pertanian, yaitu Stasiun Karantina Hewan Kelas II Ternate dan Stasiun Karantina Tumbuhan Kelas II Ternate. Sejak tanggal 3 April 2008, kedua UPT tersebut bergabung dengan nama Balai Karantina Pertanian Kelas II Ternate berdasarkan Permentan Nomor : 22/Permentan/OT.140/4/2008 tanggal 3 April 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Badan Karantina Pertanian. Balai Karantina Pertanian Kelas II Ternate berkedudukan di Ternate, Provinsi Maluku Utara.
Visi Balai Karantina Pertanian Kelas II Ternate yaitu “Menjadi Instansi yang Tangguh dan Terpercaya di Maluku Utara dalam Melindungi Kelestarian Sumber Daya Alam Hayati Hewan dan Tumbuhan, Lingkungan dan Keanekaragaman Hayati serta Keamanan Pangan”.
Misi Balai Karantina Pertanian Kelas II Ternate sebagai berikut.
Badan Karantina Pertanian mempunyai tugas menyelenggarakan perkarantinaan pertanian dan pengawasan keamanan hayati
(Peraturan Presiden Nomor 45 Tahun 2015)