Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 22/Permentan/OT.140/4/2008 tanggal 3 April 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Karantina Pertanian Pasal 30, Kelompok Jabatan Fungsional terdiri dari Jabatan Fungsional Medik Veteriner, Jabatan Fungsional Paramedik Veteriner, dan Jabatan Fungsional Pengendali Organisme Pengganggu Tumbuhan, serta Jabatan Fungsional lain, yang terbagi dalam berbagai Kelompok Jabatan Fungsional berdasarkan bidang keahlian masing- masing sesuai dengan peraturan perundang- undangan yang berlaku.
Medik Veteriner dan Paramedik Veteriner
Kelompok Jabatan Fungsional Medik Veteriner dan Jabatan Fungsional Paramedik Veteriner mempunyai tugas sebagai berikut.
a. Melakukan pemeriksaan, pengasingan, pengamatan, perlakuan, penahanan, penolakan, pemusnahan, dan pembebasan media pembawa hama penyakit hewan karantina (HPHK).
b. Melakukan pemantauan daerah sebar HPHK.
c. Melakukan pembuatan koleksi HPHK.
d. Melakukan pengawasan keamanan hayati hewani.
e. Melakukan kegiatan fungsional lainnya sesuai dengann peraturan perundang- undangan yang berlaku.
Pengendali Organisme Pengganggu Tumbuhan
Kelompok Jabatan Fungsional Pengendali Organisme Pengganggu Tumbuhan mempunyai tugas sebagai berikut.
a. Melakukan pemeriksaan, pengasingan, pengasingan, pengamatan, perlakuan, penahanan, penolakan, pemusnahan, dan pembebasan media pembawa Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina (OPTK).
b. Melakukan pemantauan daerah sebar OPTK.
c. Melakukan pembuatan koleksi OPTK.
d. Melakukan pengawasan keamanan hayati nabati.
e. Melakukan kegiatan fungsional lainnya sesuai dengan peraturan perundang- undangan yang berlaku.
Kelompok jabatan fungsional lainnya mempunyai tugas melakukan kegiatan fungsional sesuai dengan jabatan fungsional masing- masing berdasarkan peraturan perundang- undangan yang berlaku.